Die Geschichte der Thérèse ist die der Abkehr von der Autorität der christlichen Kirche, hin zur Position der radikalen atheistischen Aufklärung. In der Handlung des Romans wechseln sexuelle Aktivitäten der Hauptfiguren mit Diskussionen über philosophische Fragen ab. Der Text spiegelt damit eine zentrale aufklärerische These wider: In der Natur gibt es nichts moralisch Böses, und eine vernünftige Sittlichkeit beruht nicht auf der Verleugnung der natürlichen Regungen, sondern dem Versuch, sie zu verstehen.